Esta fase inicial contempla el diseño de la maqueta de la agenda, y tiene como objetivo: diseñar, de la forma más amplia, inclusiva y completa posible, la estrategia de arranque de la agenda de innovación.

En este proceso, un elemento clave es la identificación de los actores con alta capacidad organizativa, negociadora, financiera e investigativa que pudiesen ser susceptibles de participar como posibles socios, aportando materiales, humanos o financieros.

Así mismo, resulta importante en esta fase la definición y selección del tema a ser abordado como posible eje problema de atención prioritario. Esto comprende un análisis del entorno donde se identifica cuál va a ser la temática tratada y los actores asociados a ésta, la viabilidad política, social, económica y ambiental. Se diseña la estrategia a ser implementada sobre la temática identificada como demanda prioritaria, así como la metodología a realizarse.

La estrategia metodológica de la agenda está relacionada con la forma y los modos para detectar los problemas, las líneas de atención prioritarias en la cual se traduzcan en proyectos concretos donde cumplan con criterios de pertinencia, oportunidad, factibilidad y excelencia. En este aspecto, el papel de los asesores expertos (consultores) líderes del sector en estudio es muy importante, pues ayudará a dilucidar las vías más adecuadas de aproximación a la temática.

Luego ya identificada la temática y las estrategias a seguir, así como los posibles actores o demandantes interesados en resolver la problemática desde el punto de vista de investigación, entonces se inicia una ronda de negociaciones interinstitucionales a través de talleres para detectar los espacios de cooperación y asociación.

El proceso referente a la negociación de las prioridades conlleva a proponer e implementar reglas de juego claramente definidas por la institución promotora de la agenda tanto con los actores tradicionales (investigadores) y no - tradicionales (organismos públicos, instituciones privadas, organizaciones no - gubernamentales, en definitiva, distintas formas de organización de la sociedad civil).

El segundo aspecto necesario a ser abordado es la metodología de los talleres a realizarse. Por lo general, estos talleres se realizan ponencias - orientadoras presentadas por cada uno de los sectores o actores líderes participantes y mesas de trabajo.

Las mesas de trabajo se organizan con la participación equilibrada y equitativa de los actores tradicionales como no-tradicionales y seguidamente, se somete a la consideración la validación y el llenado de instrumentos jerarquizadores donde se recogen los problemas, las líneas de investigación o producción tecnológica asociadas a éstos. La identificación, selección y priorización de los problemas debe estar basada en criterios definidos y acordados por estos actores en las mesas de trabajo del taller. Luego de haber finalizado se procede a una etapa de análisis, síntesis y validación final de los resultados, lo cual producirá el documento consensuado que saldrá al público en la siguiente fase.